Yazar "Göv, Esra" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 2 / 2
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Drug repurposing analysis with co-expressed genes identifies novel drugs and small molecules for bladder cancer(2024) Göv, Esra; Bayrak, Gökçe KaynakBladder cancer (BC) is the fifth most common malignancy in humans and has poor survival rates. Although there is extensive research on the diagnosis and treatment of BC, novel molecular therapies are essential due to tumor recurrence. In this study, we aim to identify repurposed drugs or small molecules of BC with multi-omics systems biology perspective. Gene expression datasets were statistically analyzed by comparing bladder tumor and normal bladder tissues and differentially expressed genes (DEGs) were determined. Co-expression network of common DEGs for BC was constructed and co-expressed module was found by using tumors and control bladder tissues. Using independent data, we demonstrated the high prognostic capacity of the module genes. Moreover, repurposed drugs or small molecules were predicted by using L1000CDS2 gene expression based-search engine tool. We found numerous drug candidates as 480743.cdx, MK-2206, Geldanamycin, PIK-90, BRD-K50387473 (XMD8-92), BRD-K96144918 (mead acid), Vorinostat, PLX-4720, Entinostat, BIX-01294, PD-0325901 and Selumetinib, that may be used in BC therapy. We report 480743.cdx, BRD-K50387473 (XMD8-92) and mead acid as novel drugs or small molecules that offer crucial step in translational cancer research of BC.Öğe İnsan Protein Etkileşim Ağı Kullanarak Tiroid Karsinomu İle İlgili Moleküler Hedef ve Biyoişaretçi Adayların Belirlenmesi(2019) Göv, EsraTiroid kanseri görülme sıklığı yüksek olan ve ölümcül bir kanser türüdür. Dolayısıyla tiroid kanserinde etkin rol alan moleküllerin belirlenmesihastalığın erken tanı ve tedavi stratejilerinin oluşturulması için çok önemlidir. Bu çalışmada yüksek boyutlu işlevsel genomiks verilerininsistem biyolojisi araçları ile bütünleştirilerek analizi sonucu tiroid kanserine özgü moleküler hedefler ve biyoişaretçi adaylar belirlenmiştir.Zenginleştirme analizi sonucunda önemli kanser yolaklarının, metabolik yolakların ve immun sistem ilgili yolların aktifleştiğibelirlenmiştir. İleri istatistiksel analizler ile belirlenen gen anlatımı farklılık gösteren genlerin protein etkileşim ağı oluşturulmuş ve tiroidkanserine özgü moleküler hedefler ve biyoişaretçi adaylar JUN, LRRK2, BCL2, CCND1, TLE1, MET, ICAM1, DDB2 ve RXRG olarakbelirlenmiştir. Bağımsız bir veri setinin analizi ile, bu genlerin tümör ve normal dokuları ayırt edebileceği belirlenmiştir. Bu proteinler arasındanJUN, TLE1 ve DBB2’nin yeni moleküler hedef ve biyoişaretçi aday olabileceği bulunmuştur. Belirlenen hedeflerin papiller tiroidkanserinin teşhis ve tedavi stratejilerinin oluşturulmasında kullanılabileceği öngörülmektedir. Ancak söz konusu adayların eş zamanlı PCRile deneysel çalışmalarının yapılması gerekmektedir.